У меня была подобная проблема с мега16, которая после ночи или длительного выключения наотрез отказывалась работать с SPI (там стояла АТ45) и начинала работать только после перепрошивки, после танцев с бубнами выяснилось что программатор (самодельный STK200 на НС244) садит линию MISO и начинает нормально работать только после обращения к программатору, например в ходе прошивки, а т.к. программатор был все время подключен к плате, то после длительного простоя он просаживал ответ от АТ45 вследствие чего и были проблемы. Решалось все заменой программатора или отключением его от платы. Конечно у мега128Х программатор и SPI слабо пересекаются в отличие от мега16, но может и у вас дело не в МК, а в каких то внешних факторах, на первый взгляд кажущихся незначительными.
--------------------
|