И так все заработало!
Рассказываю про проблемы:
действительно не дочитал, в EP3C5 Pin-Outs есть примечание 6 где говориться:
(6) The E144 package has an exposed pad at the bottom of the package. This exposed pad is a ground pad that must be connected to the ground plane on your PCB.
Без продключения этого пина к земле мс ведет себя неправильно!Более того выяснил, что этот пин внутри на контакты GND не подключен!Вот такую засаду преподнесла Altera в Cyclone III EP3C5E144
Ситуацию пришлось исправлять путем подпайки к этому выводу медной полоски (полученной путем расклепывания тонкой медной проволки) и подключения к земле за пределами корпуса.