Добавлю и я свои 5 копеек

Как делаем мы:
1. Mechanical 1, Mechanical 2 - "Body" компонентов на верхнем и нижнем слоях соответственно. Body используется, во-первых, при создании упрощенного 3D вида, во-вторых, при пакетной (итоговой) проверке допустимой высоты расположения компонентов, в-третьих - для проверки "на лету" (onLine) правил расположения компонентов (если задано "Use Component Body"). Это позволяет, например, размещать одни компоненты под другими (SMD под ЖК-дисплеем или SMD внутри стенок экрана).
2. Mechanical 13 и 14 - то, что хотим видеть на сборочном чертеже. Слои верхний и нижний соответственно.
3. Mechanical 5 - контур платы. Перед трассировкой платы мпортируем из AutoCad со всеми требуемыми отверстиями, закруглениями и т.д.
4. Mechanical 15, 16 - слои "зазоров" для верхнего и нижнего слоев платы. Здесь нарисован упрощенный контур компонента, охватывающий все его примитивы, причем нарисован с таким запасом, чтобы два компонента, размещенные вплотную по этому контуру, оказались на плате разнесены на расстояние, необходимое для правильного монтажа компонентов на плату. Как правило, это на 0,25 - 0.3 мм больше, чем размеры самого компонента.
Слои Top Overlay и Bottom Overlay используются для шелкографии (рисунки на плате

).
ВАЖНОЕ ЗАМЕЧАНИЕ!!! Для того ,чтобы происходило автоматическое перемещение примитивов между парами механических слоев (при перенесении компонента с одной стороны платы на другую), необходимо определить пары слоев - "Layer Pairs"!
На механических слоях можно размещать специальные строки. Например, помещение в библиотечный компонент на каком-нибудь механическом слое ".Designator" заставит отобразить на экране позиционное обозначение. Правда, у Альтиума есть глюк - в AutoCad эти служебные строки на механических слоях не передаются

Я уже жаловался Сабунину в соответствующей теме