Сам лично с такой проблемой не сталкивался, но можно предположить, что когда на одну тактовую сажаются два блока, то для клокового буфера просто не хватает мощности чтобы "вытянуть" тактовый сигнал при работе на суммарную емкостную нагрузку. Фронты могут заваливаться.
Попробуйте задействовать второй клоковый домен, подключив клок дополнительно к еще одному глобальному пину, либо внутри ПЛИСины ручками через буфер. Либо ройте настройки Quartusа, к сожалению нет под рукой, не могу более точно сказать

.