Г-образный RC фильтр (470КОм, 0,1мкФ) - и чтоб не помог? Постоянная времени получается 470КОм*0,1мкФ=47 мс. Даже при 1 кГц фильтрация 300 раз по напряжению. Мож., у тебя наводки идут на щуп или еще куда? Ткни щупом в массу, сигнал не пропадает?
Какая частота преобразования? Лучше 10-20 кГц, напряжение позволяет. Хорошо работать на резонансе. И что это за генератор по схеме Роера?
Если у тебя умножитель однополупериодный, частота пульсаций равна частоте преобразования; кроме того, если напряжение снимается с той же стороны, с какой подается на умножитель(есть прямой путь через конденсаторы с транса на выход), пульсации, ессно, пролезут.
Можно сделать удвоитель напряжения типа мост - частота пульсаций удвоится. Фильтровать легче.
При таких требованиях к пульсациям фильтр лучше делать 2-3-х звенный. По 100 кОм, 50 нФ, скажем. Тогда коэф. фильтрации умножается. Можно еще сделать активный фильтр, скажем на полевике IRFBG20. Он 1-киловольтный. Резистор R6 - для увеличения постоянной времени. В данном разе
47 нФ*10 МОм=0,47 сек. Даже при 1 кГц коэф. подавления более 3000. Поскольку R4/R5=0.1, на транзисторе будет падать примерно 0,1 входного напряжения(200 В). Если надо меньше, уменьшаешь R4. С такими задержками сигнал для стабилизатора лучше брать перед фильтром. Если хочешь задержку поменьше, а фильтрацию нормальную - ставишь на затвор не одно-, а двухзвенный фильтр. Только первый резистор должен быть раза в 3 меньше второго, а конденсатор в 3 раза больше второго. Так фильтрация лучшее

. И вообще, если в выпрямителе будут конденсаторы по 20 нФ, на нем самом пульсации будут небольшие(вольт 50). Чтобы посчитать фильтры, надо знать частоту, допустимые пульсации и ток нагрузки. Со стабилизатором небольшая заморочка - стабилизировать надо выходное напряжение, а там реакция медленная. Возбудиться может. Придется 2 сигнала заводить. Быстрый - с выпрямителя, медленный - после фильтра.
Еще вариант - сделать на полевике стабилизатор. На затвор вместо делителя супрессоры 5*400 В,
а выходное напряжение выпрямителя стабилизировать на уровне 2200 вольт или около того. На транзисторе упадет 200 В, и все ок.
С выхода тогда обратную связь не заводить.
Пропустил про 27 МОм. Если у тебя 0,1 мА ток нагрузки и 10 кГц пульсации, то при емкости выпрямителя 10 нФ ее напряжение за период просядет на 1 В(!). Если поставить тот мост, что я рисовал - 0,4 В. Если еще поставить фильтр 40 нФ 1 МОм - должно хватить.
Эскизы прикрепленных изображений