Пришлось загрузить Ваш проект. У меня гербер генерируется. Есть одно но. Ваш PCI слот (MiniPCIe2 с посадочным местом MiniPCIe - Edge) как раз и имеет в себе участки линий с включенной галочкой.
Или измените элемент или продублируйте в Mechanical layer нужный участок, а лучше и то и другое - контуры элемента сделать в другом слое, а границы платы нарисовать заново.
Эскизы прикрепленных изображений