Ох, тяжело это дистанционно объяснять, не зная что Вы уже сами в Протеле можете, а что для Вас ново.
Попробую.
Для начала нажмите мышкой внизу на указатель слоя
Mechanical1. Я так предполагаю, что это и должен быть контур платы.
Теперь нажмите комбинацию клавиш
Shift и
S При этом на первый план выведутся только элементы, которые есть на этом слое. Нажмите эту комбинацию еще несколько раз и Вы поймете как это работает.
Вы увидите, что у Вас на механическом слое есть линия внизу, которая в Гербере как бы не нужна, я бы добавил еще один механический слой и нарисовал её там. А кроме этого слева элементы в слое
Mechanical1 у которых края иногда подсвечены, это правда зависит от Ваших установок, каким цветом показывается. Это и есть кусочки, которые не будут выводиться в Гербер, смотри
http://electronix.ru/forum/index.php?showtopic=26398&hl=Левая граница Вашей платы состоит из компонента MiniPCIe - Edge.
Кликните там два раза. Откроется окно со свойствами компонента.
Там снимите галочку в левой верхней части
Lock Primitives.
Теперь можно редактировать элементы этого компонента.
Кликаете на линиях и снимаете галочку Keepout.
В конце редактирования не забудьте вернуть галочку
Lock Primitives обратно.
Или рисуете в слое
Mechanical1 линии и дуги поверх непередаваемых, не знаю как их обозвать.
Потом, как уже написал Владимир
file/fabrication output/gerber file вкладка Layers...