tims как говорит один местный товарищ все телепаты в отпуске, но постараюсь
Разделите Вашу задачу на несколько частей.
Проверьте прошивку: на коректность и вообще работоспособнось
убедитесь в целостности сигналов JTAG от источника до получателя(прозвоните)
прогружается ли Ваша ПЛИС через JTAG без флэшки
Проверьте сами микросфемы флэш
Если есть программатор прошейте флеш на нем и попробуйте ее
Ну а далее по ситуации