Разделите Вашу задачу на несколько частей.
Проверьте прошивку: на коректность и вообще работоспособнось
убедитесь в целостности сигналов JTAG от источника до получателя(прозвоните)
прогружается ли Ваша ПЛИС через JTAG без флэшки
Проверьте сами микросфемы флэш
Если есть программатор прошейте флеш на нем и попробуйте ее
Ну а далее по ситуации
Вернулся из отпуска с Полярного Урала к тем-же проблемам.
Прошивка по JTAG грузится и работает. Флешки пишутся нормально по JTAG, но по FPGA не загружаются.
Прикладываю диаграмку сигналов полную:
Вернулся из отпуска с Полярного Урала к тем-же проблемам.
По JTAG все грузится и работает.Флешки пишутся и проверяются.Плис работает. Но по FPGA не грузится.
Полная картинка :

Что-то не вижу своего сообщения в теме, а когда открываю последнее сообщение - то вижу...
Поэтому два раза кинул картинку...