2,5В - это для JTAG
для EPCS - VCCIO того банка, на котором сидят эти ножки, у меня это 3.3В. у меня вообще весь I/O 3,3В, поэтому я выставил в settings/device/voltage Default I/O standard 3,3В. Если у вас не так, то для каждого банка с другим напряжением надо другой assignment сделать.
про диоды-вообще они для банков с напряжением 2,5В и выше включаются для входных ног автоматически,исключение, например, - DATA0 при конфигурации AS. для конфигурационных ног диоды надо ставить внешние (см. AN 447). А если внимательно почитать warning квартуса
"PCI-clamp diode is not supported in this mode. Following <number> pins must meet Altera requirements for 3.3V, 3.0V and 2.5V interfaces if it is connected to devices other than supported configuration devices. In these cases, Altera recommends termination method as specified in AN447.
"
то возникает впечатление,что это говорится про " other than supported configuration devices", что согласуется с рисунком 10-29(диодов нет). если же конфигурация EPCS непосредственно программатором (рис. 10-28) , то диоды стоят и это понятно,т.к. провода длинные.
имхо диод поставить надо, спать спокойнее будет

п.с. я диоды не поставил, теперь совесть неспокойна, хотя все пашет

. перезапускать платы буду - поставлю