Я так понимаю, что речь идёт об AVR Studio? Если да (а очень похоже), то ....
Что-то у вас слишком сложно всё.
Я работаю в связке - IAR - AVR Studio. В смысле пишу на Си в IARе, а отлаживаю в Студии. Выглядит так (для контроллеров DBW типа atmega48/88/168).
Создаю проект в IAR с выходом под студию. Пишу программу. Запускаю студию (для отладки). Выбираю - открыть проект. Залажу в папку и указываю на файл xxx.d90 (для другого компилятора может быть другое расширение). Выбираю кристал и выбираю JTAG ICE MKII. И всё!!! Проект создан.
При первом входе в кристал, студия сообщает что выключен DBW и предлагает включить его. Я подтверждаю (Используется один разъём ISP6. ТО есть никаких переключений делать ненадо). Студия сообщает что DBW разрешён. Передёрните питание. Выкл-вкл. И пошёл работать.
Ничего программировать не надо. Студия автоматом заливает туда весь код (если требуется изменить EEPROM, то она спросит). При втором и последующем запуске сразу по нажатию проекта - происходит загрузка кода.
Если работаешь, как я, то вообще можно из студии не выходить. Нашёл ошибку - подправил Сишный код - перекомпилил - перешёл в студию - остановил проц - она пишет - код был изменён. Перезалить? - отвечаешь "Да" и к следёющей ошибке.

Теперь, по вашему сообщению. Очевидно, что один раз вы пытались залить прогу в кристал при выключеном питании (или что-то подобное). И не заметили, как зашли в режим симуляции. Поэтому теперь, при открытии проекта, вам опять надо выбрать JTAG.