Мне приходилось работать только с MAX3000. Программирую с помощью USB blaster через JTAG. Есть проект который на EP1k10. Вопрос, он программируется(или здесь конфигурируется?) также как и MAX3000 без всяких хитростей?
Поскольку у него память снаружи, то все несколько иначе. Там несколько способов включения, все подробно описано в доке, почитайте для начала, а потом можно обсудить конкретные вопросы.