Ну что ж, продолжая байки про меги.
К примеру. Прошиваю меги собственной прошивалкой, разумеется все всегда было нормально и ожидаемо. Но попалась несколько экземпляров мег, которые отказывались прошиваться. Немного покавыряв, выяснилось, что ошибки были не в прошивании, а в верификации и если повторять чтение страницы два-три раза, то верификация проходила нормально.
Что касается проблем с портами, на которых jtag, то почему-то с этой проблемой я столкнулся только c мегой644, а в меге16 ничего подобного у меня не было. Хотя, вполне возможно, что просто не заметил