Если я правильно понимаю вопрос, то искомое в datasheet'e на нужный МК, в разделе Memory Programming\Signature Bytes:
Цитата
For the ATmega128 the signature bytes are:
1. $000: $1E (indicates manufactured by Atmel)
2. $001: $97 (indicates 128KB Flash memory)
3. $002: $02 (indicates ATmega128 device when $001 is $97)
Программатор их запрашивает и узнает какой МК подключен.