Да

установить Toggle Rate помогло.
Теперь ругается на VCCIO setting, хотя все пины в этом банке имеют I/O Standart - 2.5V.
Посмотрел Device and Pins Oprions > Voltage: VCCIO bank voltage. - для Cyclone не ставиться.
VCCIO setting для каждого банка где-то надо ввести?
Error: Pin REFCLK(n) is incompatible with I/O bank 5. It uses I/O standard LVDS, which has VCCIO requirement of 2.5V. That requirement is incompatible with bank's VCCIO setting or other output or bidirectional pins in the bank using VCCIO 3.3V.
Info: Pin MB_AD[0] in I/O bank 5 uses VCCIO 3.3V