А каким способом Вы переносите схему на печатную плату?
Если старым дедовским способом (с помощью утюга), и если я понял фсё верно, то делается єнто просто. Во время распечатки на листе бумаги слоя "Bottom" поставьте галочку в строке "mirror" и не ставьте ее при распечатке слоя "Top" (или наоборот, я точно не помню)