А в первом модуле в SignalTap'е на выходе "1"?
Была как-то такая же ситуация, думал, что все - крыша едет.
Оказалось, в проекте остался старый файл, который квартус и компилил, вместо нового.
Так что, скорее всего, у Вас тоже какая-нибудь простая ошибка.
Сообщение отредактировал des333 - Oct 4 2009, 17:00