У вашей меги есть встроенный таймер, вот им и считайте частоту. Внешний счетчик-делитель может потребоваться лишь в том случае, если входная частота недопустимо высокая для встроенного таймера. О том, как организовать точный подсчет частоты здесь на форуме есть большая тема в разделе AVR.
http://electronix.ru/forum/index.php?showtopic=29796 Не поленитесь прочитать ее всю.