1) Посмотрите что с выводами, которые управляют чтением/записью по тристабильной шине. Попробуйте их подтянуть к конкретным VCC или GND, чтобы не было неопределённостей в момент конфигурирования.
2) Что с неиспользуемыми выводами? Сравните квартусовский *.pin file и подключение выводов ПЛИС (всех выводов). Был у меня случай, когда я не полностью описал дизайн и прошил EPCSку. В конфигурации стояла опция неиспользуемые пины использовать как "выход подтянутый на землю" т.е. с логическим "0". После этого вообще всё падало при включении питания и конфигурировании с EPCSки

Было из-за того, что входные пины я закомментил и квартус превратил их в выходные. А два выхода друг на друга как-то своеобразно влияют если у одного "1", а другого "0"

Пришлось поколдовать, чтобы её стереть.