Если правильно откалибровали центры то никаких проблем с центровкой двухсторонних плат нет вообще. Максимум что может быть - 0.1 мм и меньше несовпадения.
И вообще, если не брать в счет AutoContac, то к станку нет никаких претензий. Ускорение разработки ПП многократное (у меня получалось меньше часа на все операции вместе с подготовкой герберов). Что такое монтажки забыли. Если к станку прикупить сетку для нанесения паяльной маски и муфельную печь то платы получаются - от заводских не отличишь. Для мелкосерийного производства самое то.
Единственный минус - стоимость изготовления. Средняя плата около 1кв.дм. нормальной плотности расположения деталей будет стоить около 15-20$. Как вы понимаете при увеличении площади сумму умножаем пропорционально. В эту сумму входит стоимость фрезы (гарантийный пробег - 50м, у меня получалось до 100м), сверл (кстати пока не научитесь ломать будете их регулярно - больно хрупкая вещь) и материала платы. Стоимость амортизации сюда не входит.

Кстати наш текстолит или FR4 лучше не использовать (особенно наш) - у них повышенная абразивность, быстрее изнашивается инструмент. Лучше брать на пластиковой основе, как называется я забыл.
Идущие в комплекте со станком CircuitCAM лучше сразу заменить на более функциональный варезный, а то мы как-то ключик потеряли и долго горевали, спасибо ляхам, выручили

.