Минус в заливке это увеличение емкости платы, но это "лечится" дополнительными ПО. Для взрывобезопасных устройств это актуально. Плюс - улучшение травления отдельнопроходящих проводников и реперов. Если внутренние слои не хочется заливать полигонами, то можно залить генертором баланса меди.