Да, действительно, спасибо что указали, с питанием и правда ошибка. Успел исправить до того как отправил заказ.
По поводу крепежного отверстия, тут уж ничего не поделаешь, так должно быть по стандартам шины PC-104.
А вообще сам посмотрел повнимательней под разными углами на трассировку, и пришел к мысли, что лучше руками

Сейчас просто срочно нужно было...
По поводу падов разьема Х5, опять же из за срочности пошел по пути наименьшего сопротивления - порылся по скачаным когда то библиотекам и нашел там этот разьем. Кто его делал и почему так, не знаю, а править не было времени.