Ну да.
А что ждать от компьютерной звуковухи?
Может с колонками за 10 баксов этих шумов просто небыло слышно...
Что касается импульсного источника думаю так:
Конечно любители хорощего звука сказали бы что УМЗЧ и такой источник несовместимы, но поскольку Хай-Энда из ТДА все равно не получится, можно попробовать.
Только надо разобраться отчего шумы в паузах.
От блока питания или от источника сигнала.
Если есть аккумулятор (например от UPS-а) это можно легко проверить.
Автомобильным тоже можно, но это тяжелее. В смысле тащить его тяжело.

Ну а по поводу шумоподавления с использованием MUTE, боюсь ничего хорошего из этого не получится.
Не для этого он сделан. Наверное будет тормозить с включением.
Лучше уж кнопку на панели компьютера. А еще лучше кнопку совмещенную с ручным регулятором громкости.

Серьезно.