По примерам:
1. Дифф. пары, согласен, в Layout просто отсутствуют как класс. Все танцы с ними по одиночке. В ту же копилку относится и выравнивание длин в шинах. Но это уже почти автотрассировка какая-то получается.
2. shove'ом почти не пользуюсь, так как заранее топологию просчитываю, чтобы места хватало, потом проводники руками двигаю. в layout DRC довольно быстро начинает мешать разводить трассы. Я всегда трассирую без online DRC. Потом выгребаю ошибки.
3. Если честно, не понял, что это такое

4. Если нужно менять все VIA, то проще отредактировать padstack

, если надо часть, то free via можно тоже автоматом менять. Надо задать padstack, потом выбрать инструмент via, затем на плате навыбирать или в spreadsheet'е навыбирать нужные via, вызвать свойства и заменить padstack. Если отверстие на свободное, то придется конечно по очереди... Но если честно, я ни разу пока не попадал в ситуацию, чтобы это было нужно массово. Обычно заранее знаешь, что какие-то дырки не такие, как другие, и все упирается только в редактирование padstack'а.
5. Одновременно нельзя, а почти одновременно можно. Выбираем любой инструмент треку и просто жмем delete, наводя курсор на нужные сегменты. Довольно быстро, и, главное, успеваешь думать, что делаешь.
По поводу футпринтов не понял до конца. Вот у меня есть много LLB файлов, в которых много компонентов со временем образовалось. Причем с некоторых пор я принципиально не использую родные библиотеки OrCAD, а все компоненты делаю с нуля. Таким образом, предлагается делать пустые проекты, в которых вываливать на плату всё подряд из библиотек и потом импортировать это в Allegro и снова распихивать по библиотекам? хотелось бы как-то прямее это делать. Как-то это не по-человечески. Capture же сохранил всю родословную, открывает все старые библиотеки, только сохраняет в новом формате.