Пуск -> Все программы -> Xilinx ISE -> Accesories -> Chip Viewer
Вот только он jed файлы не понимает

Я проверил.
Если есть много свободного времени и терпения можно покопаться в файле C:\Xilinx\xc9500xl\data\xc9536xl.chp - там расписанна структура CPLD с номерами битов. Формат увы неизвестен, так что методом экспериментов