Atmel говорит, что ATmega48P "
Not recommended for new designs: Replaced by ATmega48PA". Беглый просмотр особых отличий, кроме потребления питания, не заметил.. изучите даташиты, может, кой-чего и не так) А студия у Вас не древняя случаем? Может, стоит поискать обновления?

А залить просто так не выйдет, если только не отключить проверку сигнатуры

Пардон, сигнатура будет та же

В общем, полностью заменим, вот
AVR528: Migrating from ATmega48P/88P/168P to ATmega48PA/88PA/168PAЦитата
The ATmega48PA/88PA/168PA is a functionally identical, drop-in replacement for
the ATmega48P/88P/168P.