У этой версии протела есть проблемы в работе с многоканальными проектами, вполне может выдавать ошибку, а изменения вносить правильно... Нечто подобное нашли совместными стараниями на семинаре по DXP 2004.
В Вашем проекте убрал создание каких-либо классов (на сопоставлении классов платы и схемы протел спотыкался и выдавал гору ошибок), добавил резистор, передал изменения на плату. Сообщение об ошибке было, но изменения в плату все же были внесены! Появились 3 резистора в каждом канале. Попробовал внести изменения еще раз - говорит что схема и плата идентичны. Точно такая же картина наблюдается и при добавлении резистора на главный лист схемы.
Если же оставить классы в покое, система не может только добавить цепи в свои классы, но опять-таки передает изменения на плату правильно. Что тут скажешь... Не верьте протелу, верьте глазам своим