была у меня похожая проблема, только я код и данные раскидывал по разным банкам. причем c SBT это сделать не удалось, а в NIOS-IDE получилось. я списал это на глюки эклипса/джавы, ну и на свои руки. через консоль это делается так:
Код
nios2-bsp hal my_bsp --cmd add_section_mapping .stack ram0 --cmd add_section_mapping .heap ram0
здесь стек и куча размещаются в ram0. попробуйте, может у вас карма лучше моей. а я уж по старинке, в NIOS-IDE буду. пока ее не выкинут.