Ну вот например, если обратиться к документу
Spartan-6 FPGA SelectIO Resources и залезть в раздел
Internal Termination, то можно найти, что супостат рисует 2 линии с собственным волновым сопротивлением 50Ом, а не 62.3 - как у Вас. Думаю отсюда и все заморочки.
В принципе у Вас несколько переменных, толщина проводника, зазор между ними и толщина между слоями - и всего 2 ограничения: 50 Ом у каждого проводника персонально и 100 Ом - дифференциально. Вроде можно подобрать такую конфигурацию проводников, чтобы это всё выполнялось (ну, в крайнем случае: выполнялось с приемлемыми допусками).
Попробуйте с этой стороны подойти к вопросу.