Цитата
Но я понял, что изменения в бинарнике будет делать отдельная прога, а не человек! Или это не так?
Именно так. На уровне пользователя будет удобный (а главное понятный) ему интерфейс. Пользователь выставляет что ему нужно и говорит "прошить железяку". Железяка шьется программатором из-под avrdude. Программа просто запкскает avrdude вегда неизменной командной строкой. Программатор шьет контроллер и все работает. Ограничения на установки накладываются на этапе изменения установок пользователем так чтобы всегда знвчения были валидными. Ну вот такая вот задумка...