Точно не буду утверждать для всех случаев, но конфигурационная память внутри ксайлинкса сделана на ОЗУ. И оно гораздо более стойкое, чем флэш по определению, ибо имеет самоподдерживающееся схемотехникой детерминированное состояние. Пока есть питание, само собой. Питание, кстати, вполне может и пропадать при импульсе. Нужно смотреть требования по стойкости.
А флэш и до 50 кил далеко не всякая доживет, от лукавого это. Ну, разве что в свинцовой коробочке.

Реально стойкая память либо масочная, либо на пережигаемых(пробиваемых) перемычках.
Есть хитрый прием некоторого повышения стойкости флэш, - запись дополнительного кода в параллельную ИС. И анализ с восстановлением ошибок.
Наверное, есть уже и флэши с дифференциальной ячейкой и двумя плавающими затворами на 1 бит. Эти раза в три-четыре могли бы быть более стойкими.