Цитата
Сам контроллер при этом не зависает, микросхема PHY продолжает мигать светодиодом Link/Act как и при нормальной работе.
Это ни о чем не говорит - PHY будет моргать светодиодами даже если его вообще от контролера отключить

Цитата
Контроллер когда перестаёт отвечать в EMAC_Poll выдаёт сообщение
"size req 1488 size allocated 1066"
Судя по сообщению у вас в контролере кончился heap. Ищите утечки памяти в своей программе (или в uIp стеке)