После генерации artwork открываете его в любом gerber viewer и печатает как хотите. Я например пользуюсь
gerbv, он бесплатен.
Но еще один момент - нужно правильно настроить что выводится в gerber. Проще всего сделать так: в visibility гасите все слои, потом включаете нужные. Затем в окошке artwork делаете match display - слои перенесутся в выбранный artwork.
Вот пример: