Проблемы при конфигурировании Cyclone III Опции

[almost]

Всем привет!
Возникла у меня следующая проблема при работе с ПЛИС Altera Cyclone III:
В момент первоначального конфигурирования (прошивка находится в конфигурационном устройстве) на выходах ПЛИС образуется единица, после конфигурирования все работает как надо. Не нравится мне эта не определенность, как можно узнать что происходит при подаче питания и до конца конфигурации и можно ли как то влиять на это?
Заранее огромное спасибо!

[ReAl]

Там, конечно, 350 страниц, просто непосильный объём. Но ведь интересует конкретное место.

Configuration Process
...
Reset
...
The user I/O pins and dual-purpose I/O pins have weak pull-up resistors that are always enabled (after POR) before and during configuration.
...
User mode
...
When initialization is complete, the INIT_DONE pin is released and pulled high. This low-to-high transition signals that the device has entered user mode. In user mode, the user I/O pins function as assigned in your design and no longer have weak pull-up resistors