Правильный выбор ПЛИС для проекта, подскажите аналоги Опции

[SFx]

еще момент, при выборе Циклонов. в зависимости от speed grade у них разная максимальная пропускная способность на ногу. к примеру у ep2c20q240c8 максимальная скорость LVDS пары ровна 311 Mbps.
не забудьте поинтересоваться насчет этого момента.

[VladimirB]

При этом длина проводников сильно отличается...

А вы посмотрите на сколько сильно отличается длина проводников. Скорость распространения сигнала на текстолитовой подложке с учётом диэлектрической проницаемости примерно 150000000 м/с. Допустим разброс составляет 3 см (0.03 метра). Делим второе на первое и получаем 200 пикосекунд. Много это или мало решать конечно вам, но для примера, параметр Clock Skew в ПЛИС Xilinx Spartan3 составляет порядка 1нс.
ИМХО при разрбосе несколько сантиметров на таких частотах можно не выравнивать или в крайнем случае можно удлинить особо короткие дифф.пары.