Изменить имя цепи можно только если сделать его видимым на схеме (Add Net Name). В случае, если имя цепи сделать невидимым, цепь автоматически изменит имя на системное ($$$...) Если нужно переименовать цепь и оставить ее имя невидимым, можно:
1. Запомнить ее изначальное системное имя, сделать импорт в текстовый аски файл, найти его там интересующую цепь и ручками изменить ее имя.
2. Поставить PADS2005SP2. Там этого глюка нет.
Какой из путей лучше - даже не знаю. Если есть деньги на покупку более мощного компьютера, можно попробовать второй