Ну у старого это так. Настройки хранятся в конкретном проекте. И это правильно. Для вновь создаваемого проекта настройте в Template и укажите его в DXP/Preference/Data Management/Templates/ Document Kind=PCB Project клик по кнопке справа, выбрать в качестве шаблона проект, где все пощищено и установлено так, как вам нравится