Как раз и навсегда настроить, чтобы при импортировании изменений в PCB Editor не предлагало создавать комнату?

Лучше в настройках компаратора - см. рис!

Еще лучше их не создавать, если не умеете с ними работать

Причем оба способа это не "раз и навсегда", а только для данного конкретного проекта. Открываешь следующий - марш в эти настройки опять...

Ну у старого это так. Настройки хранятся в конкретном проекте. И это правильно.
Для вновь создаваемого проекта настройте в Template и укажите его в
DXP/Preference/Data Management/Templates/ Document Kind=PCB Project клик по кнопке справа, выбрать в качестве шаблона проект, где все пощищено и установлено так, как вам нравится