Атмел выпустил официальный релиз usb загрузчика для всех avr32, в частности для микроконтроллеров серии uc3. Загрузчик прошит в защищённой области флэш памяти (можно переписать через jtag), специально предназначенной для bootloader. Т.е. что бы залить свю программу достаточно связки PC - USB кабель - UC3. В минимальной конфигурации чтобы начать осваивать avr32 достаточно обзавестись камнем uc3.
Программируется через утилиту BatchISP, которая входит в тулчейн для win и linux. Можно настроить плагин для Studio32
Исходный документ на bootloader 1.0.0. (0,5Мб)
http://www.atmel.com/dyn/resources/prod_do...nts/doc7745.pdfещё пара слов на эту тему
http://www.avr32.ru/f2/viewtopic.php?t=81