Минимальный набор для работы с Atmega64, связка ПО+программатор Опции

[OLEG_BOS]

... что посоветуете, AVR Studio или IAR?

И то и другое вместе: AVRStudio для отладки, IAR для написания на Си и компиляции программы.
Тут некоторые рекомендуют Вам "дракон" (AVR Dragon) - вещь очень неплохая, но в Вашем случае ( Атмега64) это будет только программатор без отладчика поскольку AVR Dragon позволяет отлаживать кристалы только до 32Кб. Поэтому остаются только две вещи которые смогут совмещать как программатор так и отладчик : 1) JTAGICE, 2) JTAGICE-mkII.
Первый можно собрать самому (клон JTAGICE) или купить за 30-50$, при этом он поддерживает ограниченное число кристаллов, поскольку Atmel его давно снял с производства и перестал осуществлять поддержку новых кристалов в AVRStudio. За второй - фирменный JTAGICE-mkII придется выложить 300 - 400 $, но он того стоит - его поддержку Atmel осуществляет до сих пор, даже новые кристалы серии ATxmega.

[defunct]

1) GCC + AVR Studio + дракон..

В теме Mega64, дракон курит в сторонке с ограничением в 32KB flash.

Я бы посоветовал для m64:
IAR + JTAGICE (лучше JTAGICE-MKII если решили заняться посерьезу и проект сулит реальную отдачу).
и не тратить время на ерунду отлаживая IAR'овский проект в AVR-Studio.

IAR'овский отладчик как для отладки программ удобен и практичен, в некоторых вещах, таких как CallStack, Watch много превосходит студию.
Проигрывает разве, что в наглядности управления периферией. Но при написании чего-то большого (для чего потребовалась m64) наглядность управления периферией из IDE теряет смысл.
Да и использовать один и тот же IDE и для сборки и для отладки - сэкономит время.

За второй - фирменный JTAGICE-mkII придется выложить 300 - 400 $, но он того стоит - его поддержку Atmel осуществляет до сих пор, даже новые кристалы серии ATxmega.

Не только XMega, но и AVR32 им поддерживается. Плюс скорость отладки много выше.
Для сравнения проект под m128 с 64KB внешней памяти JTAGICE'ом загружается до main() ~2-3минуты, JTAGICE MKII - секунд 10-15.