Все оказалось очень просто

RefDes одного из элементов действительно находился за границами workspace,
но был выключен, поэтому его не было видно.
Что интересно - ставится он на схему нормально - schematic "не чувствует", что выключенный
RefDes оказывается за границей.
А при замене шрифта - начинает "чувствовать"