При прошивке ПЛИС Spartan 6 - LX100 через JTAG всё работает нормально.
Также у меня предусмотрена загрузка через режим Slave Serial (используя порт DIN и CCLK). Почему-то иногда при прошивке таким способом, работа ПЛИС значительно отличается от обычного режима. DONE загорается. У кого-нибудь было подобное?

условия старта разные. где то подвисает КА или что-то зависит от начальной инициализации (сигнала сброса)

У Altera (наверное, и у Xilinx), должно пройти время от окончания конфигурации до перехода в пользовательский режим. В документации указано.

Спасибо за ответ.
Что за КА? И как я понимаю, собственно, сброс-то выполняется (дёргаю PROG_B и жду INIT) Или нет?

КА - Конечный Автомат. Под сбросом, я имел в виду, что у вас есть, какой то участок кода, который требует начальной инициализации/сброса возможно от какого то внешнего порта. И при другом виде загрузки изменяются временные соотношения старта этого участка кода. Вот все и глючит.

Курите в сторону bitstream generation - startup options. В общем случае для того, чтобы ПЛИС стартанула надо еще за пихать в нее немного клоков. Еще проверьте что у вас startup clock =user clock, а не JTAG clock.

Спасибо, буду пробовать. Вроде все советуют ещё 10-30 клоков дополнительно давать, но вроде и так стартует...
В startup clock было установлено cclk.