У Stratix II есть только non-volatile key. Причем для его прошивки требуется повышенное напряжение.
А вот у Stratix III уже появились и volatile, и non-volatile.

В каких то старых апнотах ксалинкс предлагал защиту типа
залить прошивку в ОЗУ и запитать от батарейки, без конфигурационных механизмов с энергонезависимой памятью. Такую прошивку считать из ПЛИС нельзя, и получить ее невозможно никак. 99% защита даже без ключей, правда без возможности обновить прошивку. Только надо правильно организовать питание, чтобы была резервная батарейка которая сохраняла прошивку, когда сядет боевой аккумулятор.

Полагаю метод реализуем и в альтере, это если уж особая параноя на прошивку.

А батарейка к плате там как крепилась?

Что примечательно, но у Stratix III смотрю только три режима было, и TAMPER бит только для NON-VOLATILE ключа.