В ДШ написано:

Пробую записывать поверх записанного – результат (в ячейках) по принципу «И» (того, что было, и того, что пытаюсь записать). Но EPE молчит.
Бага или что-то другое подразумевается под «program properly»?

Внутри флэшки есть свой контроллер, который осуществляет низкоуровневые операции записи и стирания. Бит EPE отображает ошибку именно внутреннего цикла стирания/записи, а не тот факт, что записанный байт не совпадает с тем, который хотели записать. Внутренняя ошибка может возникнуть, например, если была попытка записи в несуществующую страницу, в страницу, защищённую от записи тем или иным способом, в том числе производителем флэшки. В NAND флэшках, например, блоки, которые были выявлены неисправными в процессе производства, зануляются на уровне внутреннего контроллера, и любая попытка записи/стирания такого блока вызывает установку бита EPE.
Кроме того, флэшку можно использовать не побайтно, а побитно, "выжигая" нулём по одному биту, то есть записывая последовательно 0xFE, 0xFD, 0xFB, 0xF7 ... и получая в результате 0xFE, 0xFC, 0xF8, 0xF0 во флэшке - и это никакая не ошибка, а способ экономного использования ресурса стирания, который во флэшках ограничен, как известно.

Не подходит. «Лишние» биты адреса игнорируются, запись в защищённую EPE не устанавливает – все это в ДШ описано.