Так же, как работали в свое время LPT-приставки: производится измерение, состоящее, например, из 4096 выборок с накоплением результата в памяти устройства, затем эти 4 КБ передаются хосту, который их и отображает, после чего начинается очередное измерение... Делать выборки непрерывно и сразу отдавать их хосту нет никакого смысла - в конце концов у монитора частота кадров 100-120 Гц, чаще при всем желании нельзя обновлять картинку. А результаты сотни измерений по 2-4 КБ вполне пройдут по первому ЮСБ. Даже если будет затык в шине, то задержится только отображение очередного кадра, а не сами выборки. Буферная память нужна как раз для того, что бы гарантированно провести одно измерение, состоящее из определенного числа выборок. Чем больше размер буферной памяти, тем больше выборок можно проводить за одно измерение (зачастую имеет смысл для расширения окна).
Для справки: в USB контроллере, например, ISP1582 буферная память составляет 8 кбайт. Зачем ещё 4 кбайт аппендикс и гимор с организацией обмена с ним? Если бы не режим осциллографа и лог. анализатора, можно было бы обойтись даже без применения ПЛИС!Вообще, предлагаю отказаться от обсуждения экзотики вроде RS-232 и LPT устройств, хотя бы потому, что современные компы часто уже не имеют таких портов. Напротив, USB 2.x является в настоящее время, как уже и сказали, стандартным интерфейсом.
В режиме непрерывного захвата (самописца) - да, буфферная память почти не нужна, но и тем более не нужна пропускная способность шины 40 МБайт, т.к. отправлять ежесекундно такие объемы хосту бессмысленно - что он с ними будет делать?
Можно просто в память писать, а можно и на винт(ы). 
Режим самописца следует ограничить по частоте выборок 4-5 МГц.
Зачем???Цитата
придётся выбирать между стоимостью и универсальностью
Конечно, придется. Но крайностей нужно постараться избежать

разве скорость под 35-40 Мбайт/с это не потоковый режим без контроля правильности передачи?
Угу, изохронный режим называется. C гарантированнным временем доставки, но без гарантий целостности данных.
...Серьезный прибор без встроенной памяти не сделать, имхо.
Не убедили Вы меня... Ну что ж, допустим, что дополнительная память всё-таки нужна. Какой тип и объём предложите? Как управлять ей будем? Не стоит забывать, что при питании от USB разъёма мы жёстко ограничены энергопотреблением в 2,5 Вт.