здравствуйте! Банк ПЛИС запитан от +3V3, а, чип, который с ней связан - от +2V5. Сравнил мин/макс уровни напряжений на выходе одной микросхемы и на входе второй для двух направлений передачи сигнала - все должно быть в порядке (плюс входы чипа толерантны к входному напряжению до 3.63 В). Почему нехорошо использовать такое включение? (насколько мне известно, считается нехорошим тоном при проектировании аппаратуры).

Если все логические уровни в пределах мин./макс. допусков в обеих направлениях
и низковольтная схема имеет толерантные входы для повышенного входного напряжения - то никаких проблем, применяйте.
Единственно, проверьте, что нет перекосов источников питания при включении и выключении (большой разницы во времени вкл/выкл).

ага, как раз Power-supply sequencing сейчас сконфигурирован так, что power_good_3V3 включает канал +2V5. запущу их одновременно) спасибо!

Проблемы могут возникнуть, когда одно питание уже (или все еще) включено, а второе выключено.
Тогда возможна "паразитная" запитка одного чипа от другого через общие входы-выходы. Например, через подтягивающие резисторы к питанию и/или защитные диоды (внешние или встроенные) на входах обессточенного чипа. Последствия такого неправильного включения трудно просчитать. Возможна полная неработоспособность схемы, впадение ее в состояние "ступора".
Если используете такое решение, то следите за тем, что оба питания не только включались, но и (очень желательно) выключались максимально одновременно.