Подскажите как поделить на дробный делитель или вычесть меньшую частоту? Задача такая: в плис приходит клок 100Мгц и клок 100Гц вопрос как из этих частот сделать клок 99 999 900 гц если это конечно возможно ?

Можно так:
Пересадить 100 Гц на такты 100 МГц.
Выделить каждый фронт 100 Гц и проинвертировать.
Использовать этот сигнал как CE для триггеров частоты 100 МГц.

Только нужно понимать, что это среднее значение. Мгновенное значение частоты будет сильно зависеть от момента ее измерения.

Установить частоту опоры ФАПЧ - 10МГц ( N = 10).
Установить коэффициент деления частоты ГУН M=40 (Умножаем опору на 40, частота ~400МГц).

Затем делим частоту ГУНа в след последовательности:
В первый период 24 раза делить на 40 и один раз на 39 ( в итоге 24*40 + 39 = 999 ) Kd = 999/25 = 39,96
В следующий период 24 раза делить на 40 и один раз на 41 ( в итоге 24*40 + 41 = 1001 ) Kd = 1001/25 = 40,04
В сумме за два периода в 2000 тактов получим на выходе 50 импульсов.
Таких периодов по 2000 тактов надо выполнить 499, последний период 1999 тактов (25*40 + 24*40 + 39) Kd = 1999/50 = 39,98.
В сумме получится 499*2000 + 1999 = 999999 тактов на 500*50 = 25000 импульсов.
Что в среднем дает коэффициент деления 999999/25000 = 39,99996.
Эту серию импульсов заводим на вход обратной связи ФАПЧ. Получаем частоту ГУНа 39,99996*10 = 399,9996 МГц.
Далее делим частоту ГУНа на 4 (399,9996 : 4 = 99,9999 МГц).

PS: Сам пока не проверял, но как-то так должна работать псевдо FN-PLL.