Подскажите, пож-та, кто сталкивался с подобным - насколько сложно будет запустить покупной процессорный модуль COM Express Type II на своей несущей плате с FPGA (в процессе разработки)? Интересует сама процедура запуска модуля после подачи питания. На модуле из всех интерфейсов нужен будет только Ethernet и USB.

Странный вопрос
Если все сделано по рекомендациям производителя и стандарту, то проверяете работоспособность своей платы и включаете модуль. А дальше как с обычным компутером - windows/linux etc.

Вопрос в том, нужно ли будет поднимать специфический протокол обмена с каким-нибудь контроллером на процессорном модуле для запуска всего остального. Или достаточно выставить несколько спецсигналов (POWER_OK, RESET и прочее) и начинать работу?

Второй вариант. Как правило, в такой модуль уже залита операционка. Дальше общаетесь с модулем, как с любым ПК.

а почему бы не выяснить у производителя, что входит в комплект поставки? какой будет поставляться софт?
запросите у производителя мануалы.

Те, с которыми я работал, представляют собой обычный компьютер с обрезанными стандартными разъемами (SATA, DVI, HDMI, USB etc). Все это богатство выведено на 1 или 2 разъема, которым модуль присоединяется к несущей плате. Как что подключать подробно расписано в общедоступном стандарте.
BIOS (или как он там сейчас называется правильно?) уже в нем есть. ОС вы ставите сами. Драйвера запрашивайте у производителя. Бывают варианты когда производитель вам дает уже готовые сборки ОС для установки.

Понятно, т.е. на первый взгляд ничего сверхсложного нет. Модуль выбран этот Спецификация.
Вот еще такой вопрос - если на самом модуле уже имеется BIOS, то зачем его ставят на несущую плату? Чтобы выбирать какой-то из двух?

ИМХО два варианта.
1) запасной для восстановления после сбоя.
2) свой собственный вариант BIOS.

Я, на всякий случай, место под микросхему делал, но никогда не ставили.

На сайте консорциума имеется reference design платы-носителя.
Файл можно свободно скачать.