В Protel 2004 (без сервиспаков) на печать выводится ПП с дорожками,
смещенными относительно контактных площадок:



хотя в самом редакторе PCB ничего не смещено:




Вопрос 1: Можно ли как-то исправить?
Вопрос 2: Повлияет ли это при заказе платы в какой-нибудь фирме? (Не знаю какие они там форматы используют.)

самое главное чтобы Gerber был в порядке.

Главное не печать, главное GERBER. Их надо смотреть. А с печатью это с вашим принтером может такое

В GERBER (формат 2:5 с разр. 0,01 мил) конечно намного меньне
этот эффект, но все равно на максимальном увеличении кое-где заметны отклонения.
PCB Design Check нашел 7 нарушений Clearance (track-to-track), хотя Design Rule Check в PCB нарушений не находит. Как тут быть?

Clearance = 9.84 mil ~= 0.25 mm

Как ни странно, Gerber из Camtastic печатается гораздо точнее и адекватнее, чем PCB из редактора, поэтому если Вам важнее точность передачи проводящего рисунка, лучше выбрать первый вариант. Хотя бывает что и CAM формируется с недопустимыми отклонениями. С чем это связано - непонятно...

Gerber действительно намного точнее. _Почти_ идеально