В референс-дизайне радио чипа обнаружил такое подключение кварца на 50МГц
Нажмите для просмотра прикрепленного файла
Возник вопрос, для чего нужна индуктивность L16, которая в перечне компонентов значится как smd перемычка?

Посмотрев, как производитель кварца рекомендует их подключать, нашел похожую схему для кварцев на 3-ю гармонику.
Я правильно понимаю, что для кварца на основную гармонику я L16 могу спокойно выкинуть,
а при применении кварца на 3-ю гармонику на место C38 и L16 нужно паять другие компоненты?

Или тут другой смысл?

Да, LC цепочка нужна для режекции основной гармоники, при генерации на 3-ей. Выше 40 МГц в основном делают на 3-ей гармонике, четкой границы нет. На основной гармонике вместо L16 должна быть перемычка.

А вот еще вопрос:
В руководстве по включению кварца производитель рекомендует контур подключать на выход генератора:
Нажмите для просмотра прикрепленного файла
а у радио-чипа индуктивность подключена на вход. Это имеет значение?

Или в одном случае параллельный контур для выделения 3-й гармоники, а в другом случае последовательный контур для подавления основной гармоники?

Можно и под основную и под 3-ю гармонику, настраивая контур соответствующим образом. Уже давно, лет этак 10 (или даже больше) выпускаются кристаллы с устойчивым запуском на регламентированной частоте. Но лучше использовать современные MEMS и не морочить себе голову. За последние лет 15 никогда не имел проблем. А раньше были.